在實務中，一些企業為了某些非法目的和意圖，設置了兩套賬。表面上看，兩套賬的設置似乎給企業或老板帶來了短期的利益，但隨著我國依法治稅的力度不斷深入，金稅三期、大數據分析、強化社會信用建設等一系列舉措的不斷推出，謀取短期利益的做法卻隱藏著巨大的危機和風險。
用工風險
由于我國社保等制度逐漸完善，一些企業為了規避社保支出，往往會在工資表上做文章。在工資表上減少員工人數，降低工資總額，將每個人的工資額做到當地社保最低繳費標準或個稅起征點上下。
兩套賬雖然降低了員工的個稅、社保及以工資為基數的工會經費、殘疾人保障金等成本，但是存在著諸多風險。
隨著國稅地稅機構正式合并，明年1月1日將社保等非稅收業務整體移交到合并后的稅務機關辦理。這意味著，從明年開始個稅申報基數、社保繳納基數、工會經費及殘疾人保障金繳納依據等，能通過金稅三期系統做到統一取數、口徑一致。納稅人針對同一計稅依據想少申報繳納稅費的時代一去不復返。
大額現金交易或往來的風險
企業為了隱藏收入或為了使賬面上的資金平衡，往往會采取用大量現金進行交易的方式，比如以現金方式收取貨款，通過老板、股東或財務人員的個人銀行卡等形式以現金名義與企業掛往來賬等。
事實上，上述方式存在著相當大的風險。《國務院辦公廳關于完善反洗錢、反恐怖融資、反逃稅監管體制機制的意見》(國辦函〔2017〕84號)規定，個人賬戶大額和可疑交易銀行稅務共享信息。文件明確了反洗錢行政主管部門、稅務機關、公安機關、國家安全機關、司法機關以及國務院銀行業、證券、保險監督管理機構和其他行政機關組成的洗錢和恐怖融資風險評估工作組的工作思路，要求各部門發現異常，互相分享信息。
可以預見，個人卡中收支的每一筆款項都會被公安、稅務等部門監控。如果企業仍然像過去一樣頻繁通過老板、股東或財務人員的個人卡進行違法交易的話，那么必定會受到法律制裁。
發票、偷漏稅風險
隨著營改增進程的不斷深入，稅務機關對發票的管理更為嚴格。增值稅有“三流一致”之說，即貨物流、資金流、發票流三者保持一致。隨著資金流被國家監控，發票流也必然與之匹配。這對于打擊虛開發票以及發票違法犯罪行為起到很好的制約因素。以往企業存在的買票賣票行為會受到限制，推動企業向合法經營方向轉變。
金稅三期的全覆蓋也給予偷稅、漏稅行為致命打擊。金稅三期建立的“一個平臺、兩級處理、三個覆蓋、四個系統”稅收管理信息系統，對納稅人信息進行實時監控。對稅務機關而言，納稅人情況處于透明化狀態。金稅三期上線后，稅務機關通過對比大數據分析就可知道企業經營是否異常。一旦發現異常，系統會自動預警，稅務機關工作人員便會“登門拜訪”。
信用風險
隨著我國市場經濟不斷發展，國家將打造誠信社會納入日程，近幾年不斷地加大社會信用體系建設，也出臺了一些政策措施。稅務機關也采取將納稅人劃分為A、B、C、D等級別進行管理。稅務信用等級高的企業，在稅務服務、融資貸款等領域享受相關優惠條件，反之稅務信用等級低的企業，不但沒有相應的優惠條件，反而會被稅務機關重點監控。兩套賬企業存在著很大的信用風險，如若被查處，將會身處“一處失信，寸步難行”的狀況。
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